Высокопетровский монастырь был основан в селе Высоком, на берегу реки Неглинки, ещё при жизни митрополита Петра. Монастырь во имя апостолов Петра и Павла первоначально назывался Петропавловским. Первое упоминание в летописи в 1377 году, а после кончины и канонизации святителя Петра стал Петровским.
Собор Митрополита Петра, древнейшее сооружение монастыря, был построен в 1514-1517 годах, в 1684-1685 годах возводится каменная пятиглавая церковь во имя Боголюбской иконы Божией Матери. Своды этой церкви стали усыпальницей рода Нарышкиных, здесь были похоронены 18 родственников Петра I. В 1680-90-х монастырь отстроен практически заново на средства Нарышкиных.
Главная святыня монастыря — мощи святителя Петра, покоятся в Петровском соборе. В храме преподобного Сергия Радонежского — частицы мощей Сергия Радонежского и Серафима Саровского.
Возвращен Российской Православной Церкви в начале 1990-х. Тогда-же начались первые богослужения. В 1993 бывшему Высоко-Петровскому монастырю присвоен статус Патриаршего подворья. Архитектурный ансамбль хорошо сохранился, но реставрации отдельных церквей продолжаются до сих пор.